El CNCTCI tiene su origen en el acuerdo político de comienzos del siglo XXI, que hace una apuesta para el desarrollo futuro del país basado en la innovación. El primer Consejo Nacional de Innovación para la Competitividad de Chile (CNIC) se formó en 2005. Se gestó a partir de una iniciativa del Presidente Ricardo Lagos, preocupado de que el desarrollo del país no dependiese únicamente de sus recursos naturales. Su visión implicaba incorporar más conocimiento a la matriz productiva. El Consejo, primero CNIC y luego CNID, fue creado mediante decreto presidencial en cuatro administraciones, hasta que la Ley 21.105, promulgada en agosto de 2018, lo instala como parte de la nueva institucionalidad de ciencia, tecnología, conocimiento e innovación, en conjunto con el Ministerio de CTCI, la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID) y los Comités Regionales de CTCI. Su nombramiento como Consejo Nacional de CTCI para el Desarrollo, finalmente ocurre en noviembre de 2021.